ภายในวันที่ 11 มีนาคม 2020 SARS-CoV-2 มีผู้ติดเชื้อมากกว่า 100,000 คนในอย่างน้อย 100 ประเทศ องค์การอนามัยโลกจึงประกาศให้เป็นโรคระบาด จากความสำเร็จของการตอบสนองต่ออีโบลา ของไนจีเรีย รัฐบาลไนจีเรียได้เปิดใช้งานศูนย์ควบคุมเหตุการณ์แห่งชาติ ในทันที สิ่งนี้คือการเปิดใช้งานการเฝ้าระวัง การวินิจฉัย และการรายงานผู้ป่วย COVID-19 อย่างรวดเร็ว ศูนย์ควบคุมโรคแห่งไนจีเรียระบุและรับรองห้องปฏิบัติการ 70 แห่งอย่างรวดเร็ว (ปัจจุบัน 85 แห่ง) ในประเทศ
อุปกรณ์เหล่านี้มีทักษะ โครงสร้างพื้นฐาน และวัสดุที่จำเป็นสำหรับ
การตรวจจับระดับโมเลกุลของ SARS-CoV-2 ต่อจากนั้น ข้อมูลทางระบาดวิทยาตามเวลาจริงสำหรับการเฝ้าระวังผู้ป่วยทั่วประเทศเป็น ประจำ จะถูกบันทึกไว้ใน ระบบสุขภาพเคลื่อนที่แบบโอเพ่นซอร์ส ระบบการจัดการและวิเคราะห์การตอบสนองการเฝ้าระวังการแพร่ระบาดนี้ช่วยให้ตรวจพบการแพร่ระบาดได้ตั้งแต่เนิ่นๆ และจัดการได้ เมื่อเจ้าหน้าที่สาธารณสุขเพิ่มผู้ป่วยที่ต้องสงสัยหรือได้รับการยืนยันลงในระบบ ระบบจะเรียกการดำเนินการต่างๆ โดยอัตโนมัติ
อย่างไรก็ตาม ก่อนเกิดโควิด-19 ระบบการรักษาพยาบาลของไนจีเรียค่อนข้างอ่อนแอและมีความท้าทายมากมาย เมื่อเริ่มเกิดโรคระบาด ทรัพยากรก็ยิ่งยืดเยื้อ ความสามารถในการตรวจมีจำกัด และประชากรที่อาศัยอยู่อย่างหนาแน่นและมีโครงสร้างพื้นฐานด้านการรักษาพยาบาลที่ไม่ดี ทำให้ไนจีเรียเป็นพื้นที่ที่อุดมสมบูรณ์สำหรับการแพร่ระบาดของ SARS-CoV-2
ไนจีเรียมีประชากรมากกว่า 200 ล้านคน ประมาณ 2.7%มีอายุ 65 ปีขึ้นไป จึงมีความเสี่ยงต่อโรคโควิด-19 ขั้นรุนแรง ประชากรส่วนใหญ่มีภาวะสุขภาพพื้นฐานอยู่ก่อนแล้ว เช่น เบาหวาน ความดันโลหิตสูง โรคหัวใจและหลอดเลือด และมะเร็ง โรคเหล่านี้เพิ่มความเสี่ยงต่อการเกิด COVID-19 ที่รุนแรง ชาวไนจีเรียประมาณ83 ล้านคน (40%) อาศัยอยู่ใต้เส้นแบ่งความยากจน ดังนั้นพวกเขาจึงต้องเผชิญกับความเสียเปรียบอย่างมากในด้านการรักษาพยาบาล ชาวไนจีเรียยังเผชิญกับภาระโรคสูงจากเชื้อโรคไวรัสอื่นๆ เช่น ไข้ลาสซา ไข้เหลือง และโรคหัด ไนจีเรียเป็นศูนย์กลางการค้าและการท่องเที่ยวในแอฟริกา เรากังวลว่าการขยายตัวของเชื้อ SARS-CoV-2 ที่แพร่เชื้อ รุนแรง หรือต้านทานภูมิคุ้มกันโดยที่ตรวจไม่พบในภูมิภาคอาจส่งผลกระทบอย่างมาก สิ่งสำคัญคือต้องทราบข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับการสร้างพันธุกรรมของไวรัสในไนจีเรียและไม่ว่าจะมีการเปลี่ยนแปลงหรือไม่
เรารวบรวมและวิเคราะห์ตัวอย่างหลายร้อยรายการจากผู้ติดเชื้อ
COVID-19 ในภูมิภาคตะวันตกเฉียงใต้ของประเทศระหว่างเดือนกรกฎาคม 2020 ถึงสิงหาคม 2021 เราพบว่า B.1.1.7 alpha “ตัวแปรที่น่ากังวล” และ B.1.525 eta lineage กำลังขยายตัว ในช่วงปลายปี 2020 ความกังวลเกี่ยวกับสายเลือดเดลต้า AY.36 ที่ไม่ธรรมดาตามมาขยายตัวในช่วงฤดูร้อนปี 2021 Eta และเดลต้า AY.36 มีความโดดเด่นในไนจีเรีย แต่หายากที่อื่น สิ่งนี้ชี้ให้เห็นว่าพลวัตของประชากรไวรัสที่แตกต่างกันนั้นเป็นสาเหตุของการแพร่ระบาดในแอฟริกาตะวันตก
การค้นพบนี้เน้นย้ำถึงความสำคัญของการปรับปรุงความพยายามในการเฝ้าระวังจีโนมเพื่อทำความเข้าใจและติดตามสายพันธุ์ใหม่ ๆ ที่เกิดขึ้นในส่วนต่าง ๆ ของโลก สิ่งนี้สามารถป้องกันภัยคุกคามต่อระบบสุขภาพและประชากรที่เปราะบาง
ตัวแปรในไนจีเรีย
ในปีแรกของการแพร่ระบาด ไนจีเรียต้องการการเก็บตัวอย่างไวรัสในปริมาณที่มากขึ้นและสม่ำเสมอมากขึ้น ดังนั้นเราจึงเริ่มระบุการแพร่ระบาดของ SARS-CoV-2 ในไนจีเรียและเฝ้าติดตามเป็นระยะๆ เราเก็บตัวอย่างจากห้องปฏิบัติการ Biorepository และ Clinical Virology ที่ College of Medicine, University College Hospital ใน Ibadan ห้องปฏิบัติการนี้ได้รับตัวอย่างจากรัฐ Oyo และสถานพยาบาลอื่นๆ ในภูมิภาคตะวันตกเฉียงใต้ของประเทศเป็นหลัก
เราสกัดกรดไรโบนิวคลีอิกจากตัวอย่างและทำสำเนาวัสดุจำนวนมากโดยใช้สารเคมีที่ห้องปฏิบัติการ Ibadan กระบวนการนี้เรียกว่าปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสเชิงปริมาณ ช่วยให้สามารถตรวจจับและวัดปริมาณของไวรัสในบุคคลที่ติดเชื้อได้ การจัดลำดับจีโนมและการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการเสร็จสมบูรณ์ที่ Northwestern University, Illinois, Chicago การจัดลำดับจีโนมช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถจำแนกไวรัสเป็นตัวแปรเฉพาะและระบุเชื้อสายของมันได้
เรารายงานลำดับจากเชื้อ SARS-CoV-2 จำนวน 378 ตัวที่รวบรวมได้ในรัฐ Oyo ประเทศไนจีเรีย ระหว่างเดือนกรกฎาคม 2020 ถึงเดือนสิงหาคม 2021 ก่อนหน้านี้ ไนจีเรียมีลำดับทั้งหมดเพียง 856 ลำดับในฐานข้อมูล Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data การส่งของเราจึงเพิ่มการรายงานได้เกือบ 50%
ผลลัพธ์ของเราแสดงให้เห็นว่าในช่วงต้นปี 2021 เชื้อที่แยกได้ส่วนใหญ่อยู่ใน “ตัวแปรที่น่ากังวล” ของ B.1.1.7 alpha หรือสายเลือด Eta B.1.525 ต่อมา Eta แซงหน้ากลุ่มอัลฟ่าในไนจีเรียและทั่วแอฟริกาตะวันตก โดยคงอยู่ในภูมิภาคนี้แม้ว่าจะมีการขยายสายเลือดย่อยของเดลต้าที่หาได้ยาก การวิเคราะห์ชี้ให้เห็นว่ากทพ. มีต้นกำเนิดในแอฟริกาตะวันตกก่อนที่จะแพร่กระจายไปทั่วโลก
การวิเคราะห์เพิ่มเติมชี้ให้เห็นว่ากทพ. อาจได้รับการพิจารณาว่าแตกต่างจากข้อกังวลในช่วงต้นปี 2564 หากไม่ถูกมองข้ามเนื่องจากการสุ่มตัวอย่างต่ำเกินไปในภูมิภาค ช่องว่างเหล่านี้ในการเฝ้าระวังหมายความว่าอาจมีสายพันธุ์ใหม่ปรากฏขึ้นทั่วโลกโดยที่เรามองไม่เห็น เราไม่ควรถูกจับโดยตัวแปรใหม่ที่มีคุณสมบัติพิเศษ
การศึกษาของเรายืนยันการไหลเวียนและการขยายตัวของสายพันธุ์ SARS-CoV-2 ในประชากร นอกจากนี้ยังยืนยันว่าเชื้อสายที่ไม่ธรรมดาทั่วโลก AY.36 กลายเป็นผู้มีอิทธิพลในภูมิภาคนี้ได้อย่างไร ดังนั้นจึงเน้นย้ำถึงความสำคัญของการเฝ้าระวังและติดตามการติดเชื้อ SARS-CoV-2 เพื่อให้แน่ใจว่ามีการตรวจพบสายพันธุ์ใหม่ในไนจีเรียและภูมิภาคแอฟริกาตะวันตกตั้งแต่เนิ่นๆ
